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###                                    makeAln.cpp                                               ###
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makeAln.cpp aligns pair-end reads from a shape-seq experiments with cDNA matching  the following 
sequence format

[RNA Sequence]-[Unique SeqID]-[Constant Seq]-[Experimental Id]

see an example of the generated outputs in the ./example/results directory 

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###                               Building the SeqAN library                                     ###
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The program makeAln.cpp was built using functions from the SeqAn library. 
If you have trouble building seqAn, take a look at their website. 

http://www.seqan.de/

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###  Compiling 
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cd cpp
mkdir -p build/Debug
cd build/Debug
cmake ../../cmake -DCMAKE_BUILDTYPE=Debug

### Example ###

cd ./example
./add.sh